En principe, lorsqu’on exerce en micro-entreprise, la TVA ne s’applique pas. Elle n’est pas facturée aux clients, et l’entrepreneur ne la récupère pas sur les achats de la micro-entreprise. Il exerce ainsi en franchise de TVA. Depuis le doublement des plafonds de chiffre d’affaires au 1er janvier 2018, la récupération de la TVA en tant que micro-entrepreneur devient possible dès qu’il dépasse les seuils de la franchise de la TVA.
Un micro-entrepreneur ne facture ainsi pas de TVA jusqu’à certains niveaux de chiffre d’affaires : 85 800 € (seuil limite en 2021) et 94 300 € (seuil majoré(1)) pour les ventes de marchandises et 34 400 € (seuil limite) et 36 500 € (seuil majoré) de chiffre d’affaires pour les prestations de services. En cas de dépassement des seuils et d’augmentation de l’activité, l’entrepreneur perd en effet le bénéfice de la franchise en base de TVA. Il devient donc assujetti à la TVA en auto-entrepreneur.
Il est également possible de devenir redevable de la TVA en optant pour un régime réel d'imposition à la TVA, ce qui permet de déduire la TVA sur ses achats.